Das WIFO hat sich in den vergangenen Jahren in die europäische Forschungsszene integriert und nimmt an zahlreichen internationalen Projekten teil. Dazu gehören die Erarbeitung von Prognosen für die Europäische Union im Rahmen des Projekts "Euroframe", die Erstellung des Hintergrundberichts zum Competitiveness Report von DG Enterprise, das Studium sektoraler Innovationssysteme im Projekt "Innovation Watch – SYSTEMATIC", die Analyse der Anpassungsprozesse auf dem Arbeitsmarkt in den neuen Mitgliedsländern durch AccessLab und die Modellierung des Übergangs zu nachhaltigen Wirtschaftsstrukturen durch TranSust.

Mit den Projektpartnern haben sich enge Kooperationsbeziehungen entwickelt, die sich auch in der Mitgliedschaft des WIFO bei der Vereinigung Europäischer Konjunkturforschungsinstitute (AIECE) und der ERECO-Gruppe spiegeln. Im Rahmen der Mitarbeit bei der OECD und den wissenschaftlichen Aktivitäten und Forschungsaufenthalten der Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter bestehen Verbindungen auch zu Instituten in den USA, in Australien und Asien.